Existem situações em que as notas fiscais eletrônicas não são autorizadas, ou seja, são rejeitadas ou denegadas. Uma rejeição pode ocorrer por diversos motivos: falha na recepção ou no recebimento do arquivo; falha no reconhecimento da autoria ou da integridade do arquivo enviado; remetente não credenciado para emissão da nota eletrônica; falha na leitura do número da nota; duplicidade no número da NF-e, além de outras falhas no preenchimento ou no layout do arquivo.

No caso de uma NF-e ser rejeitada por haver uma duplicidade na numeração, a nota poderá ser reenviada, bastando para isto, corrigir sua numeração. Uma vez que esta nota não fica arquivada na administração tributária, será permitido ao interessado executar uma nova transmissão sem problemas.