Apesar de sua já comprovada eficácia, a nota fiscal eletrônica tem gerado algumas dúvidas e problemas para os contribuintes enquadrados no Simples Nacional. Devido ao fato de o sistema da NF-e ainda não ser compatível com o regime de tributação, muitos contribuintes têm entrado na justiça para poder pagar seus impostos da forma antiga.

O sistema que emite a nota, desenvolvido pela Sefaz-SP, discrimina todos os impostos devidos pelo contribuinte na operação. Como pelo Simples Nacional o pagamento dos tributos é unificado em apenas uma guia e encaminhado diretamente à Receita Federal, os campos referentes aos diversos impostos diferentes não podem ser devidamente preenchidos.

O Ministério da Fazenda disponibiliza uma solução temporária para o problema, informada na seção de perguntas frequentes do hotsite da NF-e. Porém, a implantação do recurso não é tão simples.